يوجد عدة حالات بحاجة الي اجراء منظار القنوات المرارية ليس فقط في التشخيص أو علاج حالة واحدة منظار القنوات المرارية فهو يستخدم في الحالات الاتيه:

• وجود ألم في البطن نتيجة الالتهاب الحاد للبنكرياس والذي ينتج من الحصوات داخل القنوات المرارية. • ظهور حصوات داخل القنوات المرارية، مما يتطلب استخدام منظار تسليك القنوات المرارية على يد طبيب متخصص. • أورام البنكرياس • ظهور انسداد القنوات المرارية، وهي الحالة التي يلجأ فيها الطبيب لاستخدام منظار القنوات المرارية والبنكرياسية حسب حالة المريض.